สโมสรฟุตบอลชลบุรี หรือ ชลบุรี เอฟซี เป็นสโมสรฟุตบอลในประเทศไทยเป็นทีมจากจังหวัดชลบุรี ได้เข้ามาร่วมเล่นในไทยลีก โดยย้ายจากโปรลีก โดย ในปี พ.ศ. 2549 ได้อันดับ 8 และในปี 2550 ชนะเลิศการแข่งขัน ได้เป็นตัวแทนประเทศไทยไปแข่งขันเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีก ในปีเดียวกัน

ทีมสโมสรฟุตบอลชลบุรี แต่เดิมเป็น ทีมสโมสรฟุตบอลของโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และได้เข้าร่วมแข่งขัน ฟุตบอลสโมรสรชิงถ้วยพระราชทาน ต่อมาได้ถูกรวมเข้ากับทีม สโมสรสันนิบาตสมุทรปราการ โดยใช้ชื่อ สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตสมุทรปราการ ได้เข้าแข่งขันใน ดิวิชัน 1

ต่อมาได้ย้ายไปเล่นใน โปรวินเชียลลีก ในชื่อ สโมรสรฟุตบอลชลบุรี และได้แยกทีม สโมสรฟุตบอลชลบุรี-สันนิบาตสมุทรปราการซึ่งเล่นในดิวิชัน 1 อยู่ โดยทีมสโมสรชลบุรีนั้นได้นำผู้เล่นจากโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา และโรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ชลบุรี และได้ชนะเลิศโปรลีกในปี 2548 และได้เลื่อนมาเล่นใน ไทยแลนด์พรีเมียร์ลีกในปี 2549

ในปี 2549 ทีมชลบุรี ร่วมลงแข่งขันฟุตบอลควีนส์คัพ ในนามของ สโมสรราชประชา และเข้าร่วมแข่ง สิงคโปร์คัพ และได้ผ่านเข้ารอบสุดท้าย ได้อันดับสอง รองจาก สโมสรฟุตบอลทัมปิเนสโรเวอร์ ในวันที่ 26 พฤศจิกายน พ.ศ. 2549

ปัจจุบันได้รับการยอมรับว่าเป็นทีมที่มีการบริหารจัดการที่ยอดเยี่ยม มีความเป็นมืออาชีพ และกองเชียร์ Blue Blood ที่เหนียวแน่น และเลื่องชื่อลือชาในลีลาการเชียร์

แผนการจดทะเบียนเป็นบริษัทนิติบุคคล
เดือนเมษายน พ.ศ. 2551 สโมสรฟุตบอลชลบุรีเตรียมจดทะเบียนสโมสรให้อยู่ในรูปของบริษัทนิติบุคคล โดยใช้ชื่อ บริษัท สโมสรฟุตบอลชลบุรี จำกัด พร้อมกับจดลิขสิทธิ์ฉายา ฉลามชล และโลโก้ปลาฉลามของสโมสรด้วย ซึ่งบริษัทจะทำหน้าที่อย่างเต็มตัวในการแข่งขันไทยแลนด์พรีเมียร์ลีกฤดูกาลปี พ.ศ. 2552 เพื่อความสะดวกในการวางงบประมาณทำทีมและแผนงานต่าง ๆ ทั้งนี้ อรรณพ สิงห์โตทอง ผู้ช่วยผู้จัดการทีม ประมาณการว่าจะใช้เงินทุนในการจัดตั้งไม่ต่ำกว่า 5 ล้านบาท โดยมีผู้ร่วมก่อตั้ง 7 คน ส่วนอุปสรรคที่จะได้พบหลังจากการจดทะเบียน คือ สโมสรรวมถึงนักฟุตบอลทุกคนจะต้องเสียภาษีรวมแล้วประมาณร้อยละ 7 ซึ่งอาจจะไม่เพียงพอกับงบประมาณการทำทีมที่ได้รับทุกปี โดยในประเด็นนี้ อรรณพกล่าวว่าจะต้องดำเนินการอย่างรอบคอบเพื่อให้มีงบประมาณเพิ่มขึ้นพอที่จะใช้จ่ายในทุกด้าน

ปี 2008
ทีมชลบุรีได้สิทธิร่วมแข่งขันในเอเอพซีแชมเปียนส์ลีกในฐานะผู้ชนะเลิศไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก 2550 โดยภายหลังจากจับฉลากแบ่งสาย ชลบุรีได้อยู่ในสาย G แข่งขันกับ เมลเบิร์น วิกตอรี (ออสเตรเลีย) กัมบะ โอซะกะ (ญี่ปุ่น) และ ชุนนัม ดรากอนส์ (เกาหลีใต้) โดยทีมชลบุรีได้ใช้ สนามศุภชลาศัย เป็นสนามเหย้าแทน สนามเทศบาลเมืองชลบุรี ซึ่งไม่ผ่านการตรวจมาตรฐานของ เอเอฟซีซึ่งทีมชลบุรี ซึ่งทีมก็ไม่สามารถผ่านเข้าสู่รอบต่อไปได้

ปี 2009
ทีมชลบุรีได้สิทธิร่วมแข่งขันในรายการเอเอฟซีคัพหลังทำได้เพียงตำแหน่งรองชนะเลิศไทยแลนด์พรีเมียร์ลีก 2551 ซึ่งรายการนี้เป็นรายการที่รองมาจากเอเอฟซีแชมเปียนส์ลีก โดยภายหลังจากจับฉลากแบ่งสายรอบแรก ชลบุรีได้อยู่ในสาย G โซนตะวันออก โดยอยู่ร่วมสายเดียวกับทีม ฮานอย เอซีบี (เวียดนาม) อีสเทิร์น แอธเลติก (ฮ่องกง) และ เคดาห์ (มาเลเซีย)
ด้วยผลงานอันยอดเยี่ยมชลบุรีเข้ารอบ 16 ทีมสุดท้ายในฐานะแชมป์ของกลุ่ม G ไปเจอกับทีม พีเอสเอ็มเอส เมดาน จากประเทศอินโดนีเซีย ซึ่งชลบุรีเอาชนะไปได้ด้วยสกอร์ 4 ประตูต่อ 0[3]
ผ่านเข้ารอบ 8 ทีมสุดท้ายได้สำเร็จ พบกับบินห์เยือง สโมสรจากเวียดนาม แต่ก็ต้องพบกับความผิดหวังเมื่อทีม ตกรอบ 8 ทีมสุดท้าย